MySQL のバージョンをあげる際、オプションが変わっていたりした。 default-character-set 5.5 からは character-set-server=utf8mb4 utf8mb4は MySQL 5.5.3 で対応した 4バイトUTF-8 キャラクタセット。 ちなみに [client] のオプションはそのままだそうな…